东东(梅艳芳)与心靖(杨紫琼)本是一对来自不同家庭的孤儿，在10岁左右被一位武林高人所收养，教她们习武，希望二人能成为一对行侠仗义的女侠。可是，在心靖12岁那年，却被几个神秘高手所捉去，自此音讯杳然。东东长大之后，下嫁一名警官刘启文(刘松仁)，夫妇感情虽好，然而东东却一直隐瞒着自己是女飞侠的身份，不知不觉中，这个秘密亦成了二人之间的鸿沟。心靖当年被捉回清朝宧官陈公公的魔宫之后，公公运用魔法，洗去心靖的记忆，并迫心靖练一种消弛七情六欲的功夫。陈七(张曼玉)亦是被公公捉回来的无辜小孩，但陈七本性聪明不羁，趁着公公全力催谷心靖之际，伺机逃脱，当时陈七不过十五、六岁，由于中毒不深，终于恢复记忆，并且背道而驰，选择了成为一名表面为金钱而服务的女捕头，不过实际上极富正义感。故事曲折处，在于三位女侠在公公的一次"盗婴”阴谋中，扮演着被命运安排的互相对立的角色。可是，互相的感应，却最后将三人联在一起，合而为一，成为“东方三侠”。